El Hotel Monasterio dispone de 126 habitaciones con la siguiente disposición:
16 Habitaciones Superiores, 90 Habitaciones de Lujo, 14 Suites Junior, una Suite de Lujo, tres Suites Presidenciales y dos Suites Reales.

La decoración y el mobiliario de las habitaciones combinan lo mejor de los estilos moderno y colonial español; muchas de ellas ofrecen hermosas vistas de la ciudad o de los coloridos tejados de Cusco.

Aún se puede sentir la presencia del pasado a pesar de encontrarse rodeado del lujo y comodidades que ofrece un hotel miembro de la colección de Orient-Express Hotels

Disfrute de un mobiliario fino y elegante hecho para complacer sus necesidades.

Todas las habitaciones cuentan con:

• Teléfono con anexo en el baño
• Calefacción central
• Minibar
• Caja de seguridad electrónica en la habitación.
• Televisión con cable.
• Detectores de incendios.
• Secadora de pelo.
• Sistema de enriquecimiento de oxigeno en la mayor parte de nuestras habitaciones 
• Servicio de lavandería y de alimentos a la habitación las 24 horas.

La arquitectura y diseño del originalmente Monasterio de la congregación Jesuita, no han sido alterados significativamente; por lo que las habitaciones del Hotel reflejan sus orígenes de cuando era hogar de seminaristas. Todas las habitaciones son distintas, y todas varían de tamaño y formato.

El Hotel Monasterio ha contrarestado el problema del mal de altura introduciendo en la mayoría de sus habitaciones el novedoso sistema de enriquecimiento de oxígeno.